Para escoger el entorno de escritorio que quieres que inicie por defecto, tienes que escribir lo siguiente en un terminal:

Para Gnome Shell:

sudo /usr/lib/lightdm/lightdm-set-defaults -s gnome-shell

Para Unity:

sudo /usr/lib/lightdm/lightdm-set-defaults -s ubuntu

Para los demás es del mismo modo, sólo que cambiándole lo que está en negrita por su correspondiente nombre,( xfce4, kde, lxde… )