Para poner Ubuntu / Linux Mint transparente, es necesario tener instalado primero compiz fusion, para ello
pondremos esto en cosola:

sudo apt-get install compizconfig-settings-manager

Una vez instalado, nos iremos a “Sistema >> Preferencias >> Administrador de Opciones CompizConfig”. Ahí tenemos que activar el modulo de “Opacity, Brightness and Saturation” (o Opacidad, Brillo, y Saturacion).
Si lo abrimos tendremos que introducir unas claves, en Window specific settings, dandole a “Nuevo”:

Con la barra de Window Value podemos ajustar la opacidad que queremos. Luego repetimos los pasos con las demás claves:

-DropdownMenu
-normal
-dialog
-menu
-popupmenu
-tooltip
-notification
-utility

*ATENCIÓN! Es muy importante que pongamos los valores a 90, ya que existe riesgo de que no se vea absolutamente nada.
(transparencia total = 0
)

El resultado final combinado con el decorador de ventanas emerald sería este:

*Si por algún despiste no podéis ver las ventanas o necesitáis resetear compiz, tendríais que abrir un terminal, e intuitivamente,
(sin ver lo que escribes) escribir esto:

gconftool-2 --recursive-unset /apps/compiz